Misją Federacji Pacjentów Polskich jest przede wszystkim integracja środowiska pacjentów, ochrona praw, reprezentowanie interesów pacjentów oraz dążenie do poprawy jakości opieki zdrowotnej i usług medycznych. Federacja Pacjentów Polskich, podobnie jak Instytut Komunikacji Zdrowotnej, czyli organizator kampanii „Moc Komórek – Wybierajmy Potwierdzone Terapie Komórkowe”, w swoich działaniach dąży do zaangażowania organizacji pacjenckich i w rezultacie podjęcia wspólnych działań zmierzających do zmiany pozycji pacjenta w systemie ochrony zdrowia, tak aby pacjent stał partnerem lekarza w procesie terapii. Ponadto FPP bierze czynny udział w działaniach mających na celu zapewnienie ochrony praw pacjentów oraz reprezentowanie ich interesów wobec organów władzy. Ponadto wspieranie działalności naukowej, naukowo-technicznej i edukacyjnej, a także działalności w zakresie ochrony zdrowia i pomocy społecznej.